KSK2本格稼働で税務調査はどう変わる？中小企業の社長が今から準備すべき5つのポイント

2026年9月24日、国税庁の次世代国税総合管理システム「KSK2」の本格運用が始まりました。

「KSK2」と聞いても、普段の経営にはあまり関係がないと思われる社長も多いかもしれません。

しかし、今回のシステム刷新は、今後の税務調査のあり方に大きな影響を与える可能性があります。

特に注意したいのが、会社だけでなく、社長個人や親族、取引先などの税務情報も横断的に確認しやすくなるという点です。

これまで以上に、会社と個人のお金の流れや、税務申告の内容に矛盾がないかが重要になってきます。

今回は、KSK2の本格稼働によって税務調査がどう変わるのか、中小企業の社長が今から準備しておきたい5つのポイントを解説します。

1. KSK2とは？国税庁の新システムが本格稼働

KSKとは「国税総合管理システム」のことで、国税庁が納税者の申告情報や税務に関する情報を管理するためのシステムです。

今回、本格運用が始まったKSK2は、従来のシステムを刷新した次世代型のシステムです。

主な変更点は次の3つです。

① 税目をまたいだ情報管理

これまでは所得税、法人税、相続税、贈与税など、それぞれの税目ごとに管理されていた情報が、横断的に確認しやすくなります。

例えば、会社の法人税申告だけでなく、社長個人の所得税や相続税、贈与税に関する情報も関連付けて確認できるようになることが考えられます。

② 紙の書類をデータ化

AI-OCRという技術を活用し、紙で提出された申告書などもデータとして取り扱いやすくなります。

金融機関からの情報や不動産の登記情報など、外部データとの照合も進めやすくなります。

③ 税務調査の現場でシステムにアクセス

税務調査官が調査先から国税庁のシステムにアクセスできるようになり、調査中に必要な情報を確認しながら質問するなど、調査の進め方も変化する可能性があります。

つまり、KSK2は単なるシステムの入れ替えではありません。

税務署が情報を収集・分析し、調査対象を選定する方法にも影響する重要な変化なのです。

2. KSK2によって税務署の情報管理はどう変わるのか

今回のKSK2で特に注目したいのは、税目を超えた情報のつながりです。

例えば、ある会社の法人税申告書を確認するとします。

従来であれば、法人税の申告内容を中心に確認していたものが、今後は社長個人の所得税申告や、関連する相続税・贈与税の情報なども含めて、より幅広く確認しやすくなると考えられます。

中小企業の多くは、社長が会社の株式を保有し、経営上の重要な意思決定を行っています。

会社と社長個人の経済活動は密接につながっていることが少なくありません。

そのため、会社単体では問題がないように見えても、社長個人とのお金の動きまで確認すると、説明が必要になるケースも考えられます。

また、外部データとの連携が進めば、金融機関や取引先などから得られる情報と申告内容を照合することも、より効率的になるでしょう。

今後は、税務署に指摘されてから説明するのではなく、日頃から会社と個人の取引を整理しておくことが重要です。

3. 会社と社長個人の税務情報がつながる時代に

中小企業の社長にとって、最も意識しておきたいのが会社と個人のお金の関係です。

例えば、会社の経費として役員報酬を計上していれば、その役員には個人の所得が発生します。

会社側の処理と社長個人の申告内容に整合性があるかは、確認され得るポイントです。

また、会社と社長の間で資金の貸し借りがある場合も注意が必要です。

会社から社長への貸付金が長期間残っている場合、その資金が何に使われているのか、返済する意思や実態があるのかなどを説明できる状態にしておく必要があります。

さらに、親族間での資金移動や不動産の購入、預金の管理なども、相続税や贈与税との関係で確認が必要になることがあります。

大切なのは、会社のお金と個人のお金を明確に区別することです。

「社長だから会社のお金を自由に使える」という感覚は、税務上のトラブルにつながる可能性があります。

4. 役員報酬と社長個人の所得で注意すべきこと

役員報酬は、会社にとっては人件費であり、社長個人にとっては給与所得です。

そのため、会社側で経費に計上した役員報酬と、社長個人の所得税の申告内容に食い違いがないか、注意する必要があります。

特に確認しておきたいのは、次のような点です。

• 役員報酬の金額と源泉徴収票の内容が一致しているか

• 年末調整や源泉所得税の処理が適切に行われているか

• 会社から支給された役員報酬が正しく申告されているか

• 役員個人が会社から受け取った経済的利益が適切に処理されているか

例えば、会社の帳簿には毎月80万円の役員報酬が計上されているのに、個人側の申告や源泉徴収関係の資料との間に説明できない差異があれば、確認の対象になる可能性があります。

役員報酬については、会社側と個人側の両方からチェックすることが大切です。

5. 会社から社長への貸付金は要注意

中小企業でよく見かける税務上の問題の一つが、社長への貸付金です。

会社の資金繰りと社長個人の生活資金が混在し、会社から社長への貸付金が積み上がっているケースがあります。

例えば、社長が個人的な生活費や住宅購入費などに会社のお金を使い、会社の帳簿上は貸付金として処理している場合です。

このような場合、税務署から次のような質問を受けることが考えられます。

• 実際に返済する予定はあるのか

• 返済条件や返済期限は決まっているのか

• 利息は適切に計上されているのか

• 貸付金として処理する実態があるのか

形式上は貸付金であっても、実態が伴っていなければ問題になる可能性があります。

貸付金が長期間残っている場合は、単に帳簿上の数字として放置せず、発生原因や返済計画を確認することが重要です。

6. 外注費と外注先の売上の整合性

外注費についても、今後は注意が必要な項目の一つです。

例えば、自社が個人事業主に年間500万円の外注費を支払っているとします。

一方、その個人事業主が売上を正しく申告していなければ、支払った会社側の外注費に関する情報と、受け取った側の売上情報との間に差異が生じます。

税務署が双方の情報を照合しやすくなれば、こうした不一致が把握される可能性も高まります。

会社側で確認しておきたいのは、次の点です。

• 外注先との契約書や発注書があるか

• 実際に業務が行われた証拠が残っているか

• 請求書と支払記録が一致しているか

• 外注費の金額が業務内容に見合っているか

• 源泉徴収が必要な報酬について適切に処理しているか

外注費は、単に請求書があればよいというものではありません。

実際に仕事が行われ、その対価として支払われたことを説明できる状態にしておきましょう。

7. 法人税と消費税の申告内容の不一致

法人税と消費税の申告内容についても、注意が必要です。

法人税申告書に記載されている売上高と、消費税申告書に記載されている課税売上高は、必ずしも同じ金額になるとは限りません。

非課税売上や不課税取引、免税取引、会計処理上の違いなどがあるためです。

しかし、金額に差がある場合には、その理由を説明できなければなりません。

例えば、次のようなケースです。

• 売上計上時期の違い

• 非課税売上の計上

• 課税対象とならない取引の存在

• 会計処理や消費税区分の誤り

税務調査では、単純に数字が違うことだけでなく、その違いに合理的な理由があるかどうかが重要になります。

法人税と消費税の申告書を提出する前に、両者の数字を照合する習慣をつけておきましょう。

8. 相続税・贈与税まで含めた資産管理の重要性

KSK2によって、相続税や贈与税に関する情報も含めて確認しやすくなる点は、オーナー企業の社長にとって見逃せません。

特に注意したいのが、名義預金です。

名義預金とは、例えば子どもや配偶者の名義で預金していても、実際には親が資金を出し、通帳や印鑑も親が管理しているような預金です。

預金の名義だけでなく、実際に誰が資金を出し、誰が管理し、誰が自由に使える状態にあったのかが重要になります。

また、親族間で資金を移動させている場合には、贈与税の申告が必要になるケースもあります。

オーナー企業の場合、会社の株式や不動産などの財産も含めて、将来の相続を考えておく必要があります。

会社の税務だけでなく、社長個人と家族の資産管理も含めた対策が重要になってきます。

9. KSK2時代に中小企業が今から取り組むべき5つの対策

では、経営者は具体的に何をすればよいのでしょうか。

私がおすすめしたいのは、次の5つです。

① 会社と社長個人のお金を明確に分ける

会社の預金口座と個人の預金口座を適切に使い分け、個人的な支出を会社経費に混在させないようにしましょう。

② 役員貸付金・役員借入金を定期的に確認する

会社と社長との資金の貸し借りについて、発生原因や残高を確認し、必要に応じて返済計画を立てましょう。

③ 外注費や業務委託費の証拠を残す

契約書、請求書、業務報告書、振込記録などを整理し、実際に業務が行われたことを説明できるようにしておきましょう。

④ 法人税と消費税の数字を照合する

売上高や経費について、申告書間で不自然な差異がないか確認しましょう。

⑤ 相続・贈与を含めた個人資産の管理を行う

預金や不動産、親族間の資金移動などについて、資金の出所や管理状況を整理しておきましょう。

これらは、税務調査が入るから慌てて行うものではありません。

毎月の経理や決算のタイミングで確認しておくことが理想です。

10. これからの税務調査に備えて経営者が意識すべきこと

KSK2の本格稼働によって、今後の税務調査は、より多くの情報を活用しながら、調査対象や確認事項を絞り込む方向に進む可能性があります。

ただし、KSK2が稼働したからといって、すべての会社に税務調査が入るわけではありません。

また、情報が横断的に管理されるからといって、会社と個人の取引がすべて問題になるわけでもありません。

大切なのは、税務上適切な処理を行い、必要な資料を整理し、取引の内容を説明できる状態にしておくことです。

特に中小企業では、社長個人と会社のお金が混在しやすい傾向があります。

「今まで問題がなかったから大丈夫」という考え方ではなく、これからの税務環境の変化を踏まえて、経理や資金管理の方法を見直してみてはいかがでしょうか。

税務調査対策とは、税務署に見つからないようにすることではありません。

日頃から正しい経理と税務申告を行い、いつ確認されても説明できる経営体制をつくることです。

KSK2の本格稼働を、会社のお金の流れや税務管理を見直す良い機会にしていただければと思います。