「インボイスの登録申請をしたのに、まだ登録番号の通知が届かない……」

このような状況になった場合、経営者として気になるのが、取引先への請求書をどう発行すればよいのか、また、買手側の仕入税額控除に影響はないのか、という点ではないでしょうか。

実は、インボイスの登録申請をしてから登録通知が届くまでには、一定の期間がかかります。

国税庁が令和8年10月15日に公表した情報によると、登録通知までの期間の目安は次のとおりです。

申請書に記載漏れや誤りがある場合には、さらに時間がかかる可能性もあります。

では、登録申請を済ませているのに通知が届かない期間に取引が発生した場合、どのように対応すればよいのでしょうか。

今回は、インボイス登録通知までの期間と、通知前に取引が発生した場合の売手・買手それぞれの対応について、中小企業の経営者向けに解説します。

1．インボイス登録通知が届くまでにどれくらいかかる？

まず確認しておきたいのが、インボイス登録申請から登録通知までに必要な期間です。

国税庁が令和8年10月15日に公表した「適格請求書発行事業者の登録通知時期の目安について」では、次の期間が示されています。

登録通知までの期間の目安

<text weight="semibold" color="#16A34A">e-Taxによる提出</text>

約2か月

<text weight="semibold" color="#D97706">書面による提出</text>

約2.5か月

例えば、取引開始に合わせて登録を受けたい場合、申請してから通知が届くまでに2か月以上かかる可能性があります。

「来月からインボイスを発行したい」と考えていても、申請のタイミングによっては登録通知が間に合わないことも考えられます。

また、この期間はあくまで目安です。

申請書に記載漏れや誤りがあった場合には、内容確認が必要になるため、通常よりも時間がかかることがあります。

登録通知が必要になる時期から逆算して、余裕を持って申請することが大切です。

なお、今回の目安は令和8年10月15日時点の国税庁公表情報に基づくものです。申請時には最新の通知期間を確認しましょう。

2．インボイス登録は早めの申請が重要！

インボイス登録を検討している場合、取引開始直前になってから申請するのではなく、早めに準備することが重要です。

例えば、次のようなケースが考えられます。

ケース① 新規取引先から登録番号を求められた

新しい取引先と契約する際に、「インボイス登録事業者であること」を取引条件として求められる場合があります。

この場合、登録申請をしていても、登録通知が届いていなければ、登録番号を記載したインボイスをすぐに交付することはできません。

取引先との関係を円滑に進めるためにも、登録申請の状況や通知の見込みについて、事前に説明しておくとよいでしょう。

ケース② これから会社を設立する

新しく会社を設立する場合は、事業開始時からインボイス登録を受けるかどうかを検討する必要があります。

特に、設立直後から法人向けの取引が多い場合には、登録のタイミングが取引に影響する可能性があります。

ケース③ 免税事業者から課税事業者になる

これまで免税事業者だった個人事業主や法人が、取引先の要請などを受けてインボイス登録を検討するケースもあります。

ただし、インボイス登録を受けると、原則として消費税の申告・納税が必要になります。

登録番号を取得することだけでなく、消費税の負担や経理事務への影響も考慮して判断しましょう。

インボイス登録は、取引先との関係だけでなく、自社の消費税負担にも関係する重要な手続です。

3．登録通知が届く前に取引が発生したらどうなる？

ここが今回のニュースで特に重要なポイントです。

インボイス登録では、登録日と登録通知が届く日が必ずしも同じではありません。

例えば、ある事業者が登録申請を行い、登録日は11月1日となったものの、実際に通知が届いたのは翌年1月だったとします。

この場合、11月1日から通知が届くまでの間に行った取引についても、登録日以後の取引としてインボイスの対応が必要になります。

ただし、通知が届くまでは登録番号が分からないため、登録番号を記載した請求書を通常どおり発行することができません。

そこで、国税庁は、登録日から通知を受けるまでの間に取引が発生した場合の対応方法を、インボイス制度に関するQ&Aの問36・問37で示しています。

ポイントは、通知が届く前に発行した請求書についても、通知後に不足事項を補う対応ができるということです。

4．通知前に請求書を発行していた場合の対応

登録通知が届く前に請求書を発行していた場合、通知後に適格請求書の記載事項を満たすための対応が必要になります。

主な方法は2つあります。

方法① インボイスを改めて交付する

通知を受けた後、登録番号や税率ごとの消費税額など、必要な記載事項を満たした請求書を改めて交付する方法です。

例えば、次のような流れになります。

1. 登録通知前に、登録番号のない請求書を取引先に交付する

2. 登録通知が届く

3. 登録番号などを記載したインボイスを作成する

4. 取引先に改めて交付する

この方法であれば、通知前に発行した請求書を、正式なインボイスに差し替えることができます。

方法② 不足している事項だけを別途通知する

もう一つの方法は、すでに交付した請求書をそのまま利用し、不足している事項だけを別の書面やメールなどで通知する方法です。

例えば、次のようなイメージです。

先に発行した請求書

• 請求書番号：2026-1101

• 請求金額：110,000円

• 消費税額：10,000円

• 登録番号：記載なし

通知後に追加で伝える内容

• 対象となる請求書番号：2026-1101

• 登録番号：T1234567890123

このように、先に発行した請求書と追加で通知する内容との関連性が明確であれば、両方を合わせてインボイスの記載事項を満たすことができます。

ただし、単に登録番号をメールで送ればよいというわけではありません。

どの請求書に対する追加情報なのかが明確であり、受け取った側が適格請求書の記載事項を正しく確認できることが必要です。

請求書番号や取引日、請求金額などを使って、対象となる請求書を特定できるようにしておきましょう。

5．新設法人は要注意！事業開始時から登録を受ける特例

新しく会社を設立した場合には、インボイス登録について特別な取り扱いがあります。

新設法人が、事業を開始した日の属する課税期間の初日から登録を受ける旨を記載した申請書を、その課税期間の末日までに提出し、登録を受けた場合には、課税期間の初日に登録を受けたものとみなされる仕組みです。

例えば、3月決算の新設法人が4月1日から登録を受けたい場合、一定の要件を満たして課税期間の末日までに申請すれば、4月1日から登録を受けたものとして扱われます。

この場合、登録通知が届くのが数か月後になったとしても、登録日は課税期間の初日となります。

ただし、通知が届くまではインボイスを交付できない

ここで注意したいのが、登録日がさかのぼって認められることと、登録通知前に登録番号を記載したインボイスを発行できることは別だという点です。

登録通知が届くまでは登録番号が分からないため、通常どおり登録番号を記載したインボイスを交付することはできません。

そのため、通知前に取引が発生した場合には、次のような対応が考えられます。

• 事前に取引先へインボイスの交付が遅れることを伝える

• 通知前は登録番号のない請求書を交付し、通知後に改めてインボイスを交付する

• 先に交付した請求書との関連性を明確にしたうえで、登録番号などの不足事項を別途通知する

新設法人の場合、設立直後から売上が発生することも多いため、請求書の発行方法を事前に決めておくことが重要です。

6．小売店など不特定多数の顧客と取引する事業者の対応

ここまでは、取引先が特定されている一般的な企業間取引を想定して説明してきました。

しかし、小売店や飲食店など、不特定多数の顧客と取引する事業者では、事情が異なります。

例えば、スーパーやコンビニなどでは、商品を販売するたびにレシートを発行します。

登録通知が届くまでの間に発行したレシートを、通知後にすべて再発行することは現実的ではありません。

そこで、国税庁のQ&A問37では、一定の新設法人の小売店などについて、次のような対応方法を示しています。

ホームページなどに登録番号を掲載する

例えば、事業者のホームページに次のような内容を掲載します。

「当社はインボイス発行事業者の登録を受けております。登録通知前に発行したレシートをお持ちで、仕入税額控除を行うお客様は、当ページを印刷するなどしてレシートと併せて保存してください。」

このように、ホームページなどに登録番号を掲載し、対象期間のレシートと一緒に保存してもらう方法が考えられます。

また、買手から問い合わせがあった場合に、登録番号を個別に伝える方法もあります。

事前の周知も忘れずに

この対応を行う場合には、インボイスの交付が遅れることを、あらかじめホームページや店頭などで周知しておくことが大切です。

なお、この取り扱いは、登録日から登録番号の通知が届くまでの間の経過的な対応です。

通知後は、登録番号を記載した適格簡易請求書を通常どおり交付する必要があります。

7．買手側はどう対応する？仕入税額控除への影響

インボイス登録通知が届くまでの問題は、売手だけの問題ではありません。

請求書を受け取る買手側にも確認しておきたいポイントがあります。

例えば、取引先から登録番号のない請求書を受け取った場合です。

通常、仕入税額控除を受けるためには、原則として帳簿と適格請求書などの保存が必要になります。

では、取引先がインボイス登録申請中で、まだ登録番号のない請求書を発行している場合はどうなるのでしょうか。

事前に登録申請中であることを確認しておく

国税庁のQ&Aでは、買手側が売手について、適格請求書発行事業者の登録を受ける旨を事前に確認できていた場合の取り扱いが示されています。

この場合、登録通知後に適格請求書や登録番号の通知を受け取り、適切に保存することを前提として、登録番号のない請求書に記載された金額を基礎に仕入税額控除を行うことが認められています。

つまり、買手側としては、次の点を確認しておくことが大切です。

• 取引先がインボイス登録申請中であること

• 登録を受ける予定であること

• 登録日や登録予定時期

• 通知後にインボイスや登録番号の連絡を受けられること

そして、通知後に交付されたインボイスや登録番号の通知などを、先に受け取った請求書と関連付けて保存しておきましょう。

通知後の書類保存を忘れない

注意したいのは、登録番号のない請求書だけを保存していればよいわけではないということです。

通知後に交付された適格請求書や登録番号の連絡など、記載事項を補うための資料も保存する必要があります。

また、売手から事後的にインボイス等の交付を受けられなかった場合には、国税庁Q&Aで示されている調整方法を確認する必要があります。

買手側も、取引先の登録状況を確認し、通知後の書類を確実に受け取って保存する仕組みを作っておきましょう。

8．登録申請の処理状況を確認する方法

登録申請をしてから、国税庁が示す目安期間を過ぎても通知が届かない場合には、処理状況を確認することができます。

問い合わせ先は、各国税局・所轄のインボイス登録センターです。

ただし、国税庁は、登録通知時期の目安となる期間を経過してから問い合わせるよう案内しています。

問い合わせ前に準備しておきたい情報

• 申請者の名称

• 申請書の提出時期

• e-Taxまたは書面のどちらで提出したか

• 申請内容に関する情報

申請書の記載内容に不備がある場合には、税務署側から電話や書面で確認の連絡が行われることもあります。

そのため、申請後は税務署からの連絡を見落とさないようにしましょう。

e-Taxで申請した場合は通知方法も確認

e-Taxによる申請では、登録通知データをメッセージボックスで確認できる場合があります。

税理士が代理送信した場合には、税理士側で通知を受領できるケースもあります。

登録通知を見落とさないよう、申請時に通知の受取方法や確認先を把握しておくことが大切です。

9．中小企業が今から準備しておきたいこと

今回のように登録通知までに時間がかかる場合、事前に対応方法を決めておくことで、取引先とのトラブルを防ぎやすくなります。

中小企業の経営者には、次の4つを確認していただきたいと思います。

① 登録申請のスケジュールを確認する

新規取引や事業開始に合わせて登録を予定している場合は、通知までの期間を考慮して早めに申請しましょう。

特に、取引先から登録番号の提示を求められている場合には、申請予定日と通知の見込みを共有しておくことが大切です。

② 取引先への事前連絡を行う

登録通知が届く前に取引が発生する場合には、インボイスの交付が後日になることを事前に説明しておきましょう。

何も説明せずに登録番号のない請求書を発行すると、取引先の経理担当者が対応に困る可能性があります。

③ 請求書の再発行や追加通知に備える

通知後に請求書を再発行するのか、不足事項だけを別途通知するのか、あらかじめ社内で対応方法を決めておきましょう。

請求書番号などを使って、先に発行した請求書と追加情報を確実に関連付けられるようにしておくことも重要です。

④ 税理士や経理担当者と情報共有する

登録申請を税理士に依頼している場合は、申請日や登録希望日、通知の受取方法などを確認しておきましょう。

また、登録通知が届いた後の請求書再発行や、取引先への連絡についても、事前に役割分担を決めておくと安心です。

登録申請をしたら終わりではなく、通知が届くまでの取引をどう処理するかまで考えておくことが大切です。

10．まとめ：インボイス登録通知を待つ間も取引先との連携が大切

インボイス登録申請から登録通知が届くまでには、一定の期間が必要です。

令和8年10月15日時点で国税庁が公表している通知期間の目安は、次のとおりです。

申請書に記載漏れや誤りがある場合には、さらに時間がかかることもあります。

また、登録日から通知が届くまでの間に取引が発生した場合には、売手・買手の双方で対応が必要です。

売手側は、通知後に請求書を再交付したり、不足事項を別途通知したりする方法があります。

買手側は、売手が登録を受ける予定であることを事前に確認し、通知後に交付されるインボイスなどを保存することが重要です。

経営者が確認しておきたいチェックリスト

• インボイス登録の申請時期を確認している

• 最新の登録通知までの期間を確認している

• 申請書の記載漏れや誤りがないか確認している

• 通知前に取引が発生した場合の請求書対応を決めている

• 取引先に通知が遅れる可能性を説明している

• 通知後の請求書再交付や追加通知の方法を決めている

• 買手側として、通知後のインボイスを保存する体制を整えている

インボイス登録は、単に登録番号を取得するだけの手続ではありません。

登録日と通知日が異なる場合には、請求書の発行や保存、仕入税額控除にも影響します。

特に中小企業では、経理担当者が少なく、請求書の再発行や取引先への連絡が負担になることもあります。

だからこそ、登録申請の段階から、通知前後の実務対応を考えておくことが大切です。

インボイス登録を予定している場合は、早めの申請と、通知前の取引に備えた準備を進めておきましょう。

税理士からひとこと

インボイス制度については、登録申請を済ませたことで安心してしまい、登録通知が届くまでの取引について十分に準備できていないケースも考えられます。

しかし、登録通知が届くまでの期間にも、通常どおり売上や仕入れは発生します。

そのため、登録番号のない請求書をどのように処理するのか、通知後にどのような書類を交付・保存するのかを、あらかじめ決めておくことが重要です。

特に、これから新しく事業を始める方や、取引先からインボイス登録を求められている方は、申請のタイミングだけでなく、登録後の消費税負担も含めて検討しましょう。

日頃から税理士や経理担当者と情報を共有し、余裕を持って準備を進めていただければと思います。