免税事業者との取引はどうなる？インボイス制度「7・5・3割控除」の年間適用上限額を解説

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免税事業者との取引はどうなる？インボイス制度「7・5・3割控除」の年間適用上限額を解説
「インボイス未登録の取引先との取引が多いけれど、2026年10月から何か変わるの？」
建設業などでは、一人親方や個人事業主である職人と継続的に取引している会社も少なくありません。
その取引先の中にインボイス登録をしていない免税事業者がいる場合、仕入税額控除について「経過措置」を利用できるケースがあります。
ところが、2026年10月1日以後に開始する課税期間から、この経過措置について新たな「年間1億円」の上限が設けられます。
今回は、この年間適用上限額について、中小企業の経営者が押さえておきたいポイントをわかりやすく解説します。
1．インボイス制度の「経過措置」とは？
まず、インボイス制度の基本を確認しておきましょう。
インボイス制度では、原則として、免税事業者や一般消費者などからの仕入れについて、仕入税額控除を行うことができません。
仕入税額控除とは、簡単にいうと、
「売上時に預かった消費税」から「仕入れや経費の支払い時に負担した消費税」を差し引く仕組みです。
ただし、免税事業者などとの取引がすぐに全額控除不可になると、取引先にも大きな影響が出ます。
そこで設けられたのが、一定期間、仕入税額の一部を控除できる「経過措置」です。
この経過措置は段階的に控除割合が下がっていく仕組みになっています。
2．「8割・7割・5割・3割控除」はいつまで？
免税事業者等からの仕入れについては、次のように控除できる割合が変わります。
・2023年10月1日～2026年9月30日：80％控除
・2026年10月1日～2029年9月30日：70％控除
・2029年10月1日～2031年9月30日：50％控除
・2031年10月1日～2033年9月30日：30％控除
つまり、2026年10月から突然、免税事業者との取引について仕入税額控除ができなくなるわけではありません。
ただし、控除できる割合が80％から70％へ下がるため、インボイス未登録の取引先との取引が多い会社では、消費税の負担が増える可能性があります。
3．2026年10月から「年間1億円」の上限が始まる
ここが今回の重要ポイントです。
2026年10月1日以後に開始する課税期間から、7割・5割・3割控除の経過措置について、年間の適用上限額が設けられます。
その金額は、
「1億円（税込）」
です。
具体的には、事業者が一の者から行う課税仕入れについて、その支払対価の額の合計額が1億円を超える場合、1億円を超える部分については、この経過措置を適用することができません。
法人であれば事業年度、個人事業者であればその年を基準に判定します。
ここは今後の消費税計算に影響する重要なポイントです。
4．建設業は特に注意！一人親方・個人職人との取引
この制度変更について、特に注意していただきたいのが建設業です。
建設業では、鳶職人、大工職人、左官職人など、個人事業主である職人と継続的に取引しているケースがあります。
そして、その中にはインボイス登録をしていない免税事業者もいます。
例えば、特定の個人事業主に対して年間1億2,000万円（税込）の課税仕入れを行っているとします。
この場合、2026年10月1日以後に開始する課税期間では、1億円を超える2,000万円の部分について、7割・5割・3割控除の経過措置を適用することができません。
「年間1億円」という数字だけを見ると、「会社全体で1億円まで」と思ってしまいそうですが、ここは注意が必要です。
5．「1億円」は会社全体の仕入れ総額ではない
年間1億円の判定で重要なのが、
「一の者から行う」
という点です。
つまり、会社全体の免税事業者からの仕入れが1億円を超えたら、すべての取引について経過措置が使えなくなる、という意味ではありません。
例えば、
Aさん：年間6,000万円
Bさん：年間4,000万円
Cさん：年間3,000万円
という取引があった場合、それぞれの取引先について支払対価の額を判定します。
AさんとBさんを合算して1億円を超えるからアウト、という判定ではありません。
一方、特定の一事業者に対する課税仕入れが1億円を超える場合には、その超える部分が経過措置の対象外となります。
そのため、今後は「インボイス登録済みか、未登録か」という情報だけではなく、
「誰に、年間いくら支払っているのか」
まで確認することが重要になります。
6．1億円を超えたら、すべて控除できなくなるの？
ここも誤解しやすいところです。
年間1億円を超えた場合、
「その取引先からの仕入れが全部、経過措置の対象外になる」
というわけではありません。
1億円を超える部分について、経過措置を適用できなくなります。
例えば、ある免税事業者からの課税仕入れが年間1億2,000万円だった場合、1億円を超える2,000万円の部分について経過措置が適用できない、という考え方です。
したがって、対象となる取引が多い会社では、超過部分によって消費税の負担がどの程度変わるのかを事前に試算しておくことが大切です。
7．8割控除の期間には「10億円」のルールがある
ここで、現在の8割控除についても確認しておきましょう。
2023年10月1日から2026年9月30日までの8割控除が適用できる期間については、年間10億円を超える場合に、超える部分について経過措置を適用できないという別の上限規定があります。
一方、2026年10月1日以後に開始する課税期間から適用される7割・5割・3割控除については、年間1億円が基準になります。
つまり、
「今まで10億円だった上限が、2026年10月から1億円になる」
というイメージで整理すると分かりやすいでしょう。
特定の取引先への支払額が大きい会社は、2026年10月以降のルールを早めに確認しておく必要があります。
8．中小企業の経営者が今から確認したい3つのポイント
では、経営者として何を準備しておけばよいのでしょうか。
まず1つ目は、
「インボイス未登録の取引先を把握する」
ことです。
取引先がインボイス登録事業者なのか、免税事業者なのかを整理しておきましょう。
2つ目は、
「取引先ごとの年間支払額を確認する」
ことです。
特に、特定の取引先への支払いが大きい会社は注意が必要です。
3つ目は、
「2026年10月以降の消費税負担を試算する」
ことです。
控除割合が80％から70％に下がることに加え、一定の場合には年間1億円の上限も関係してきます。
売上や利益だけを見ていると、消費税の負担増を見落としてしまう可能性があります。
9．「インボイス登録してください」と言う前に考えたいこと
免税事業者との取引が多い会社では、
「だったら取引先にインボイス登録してもらえばいい」
と考えるかもしれません。
しかし、ここは少し慎重に考える必要があります。
一人親方や個人事業主など、事業規模の小さい取引先にとって、インボイス登録は消費税の納税や事務負担につながる可能性があります。
そのため、単純に「自社の消費税負担を減らしたいから登録してください」と考えるのではなく、取引条件や報酬、事務負担なども含めて、取引先と十分にコミュニケーションを取ることが大切です。
税金だけを見て判断すると、長年築いてきた取引関係に影響することもあります。
経営者としては、「税負担」と「取引先との関係」の両方を見ることが重要です。
10．まとめ｜2026年10月までに「誰に・いくら支払っているか」を確認しよう
今回のポイントをまとめます。
・免税事業者等からの仕入れについては、一定期間、仕入税額の一部を控除できる経過措置がある
・2026年10月1日から2029年9月30日までは、7割控除の期間となる
・その後、5割控除、3割控除へと段階的に控除割合が下がる
・2026年10月1日以後に開始する課税期間から、7・5・3割控除について年間1億円（税込）の適用上限が設けられる
・年間1億円の判定は「一の者から行う課税仕入れ」が基準となる
・1億円を超えた場合、超える部分について経過措置を適用できない
特に、建設業など一人親方や個人事業主との取引が多い会社では、早めの確認をおすすめします。
まずは、
「インボイス未登録の取引先は誰なのか」
「その取引先に年間いくら支払っているのか」
を一覧にしてみてください。
インボイス制度は、制度の文章だけを読んでいると非常に複雑です。
しかし、自社の取引先と支払額に当てはめてみると、どこに影響があるのかが見えてきます。
2026年10月以降の消費税負担を予測するためにも、今のうちから取引先別の支払額を整理しておくことが、経営者にとって有効な準備になります。
「税金がいくら増えるのか」だけではなく、「その変化を経営にどう織り込むのか」。
インボイス制度への対応は、経理処理だけの問題ではなく、取引条件や利益計画にも関わる経営課題として考えていくことが大切です。
※本記事は、提示された国税庁の制度説明・相談事例をもとに、2026年10月以後の取扱いを中小企業経営者向けに整理したものです。実際の適用関係については、課税期間、取引内容、帳簿・請求書等の保存状況などによって異なる場合があります。個別の取引については、税理士等の専門家にご確認ください。