「KSK2って何？」「税務署のシステムが変わるだけで、自分の会社には関係ないのでは？」

そう考えている中小企業経営者の方も多いのではないでしょうか。

実は、2026年9月24日から始まる国税庁の「KSK2」への移行は、企業の日常的な税務実務にも関係する重要な変更です。

e-Tax、税務署から届く通知書、納付書、申告書など、これまで当たり前だった税務手続きが少しずつ変わっていきます。

そこで今回は、税理士の立場から、中小企業経営者が知っておきたいKSK2移行のポイントをQ&A形式で分かりやすく解説します。

1．KSK2とは？国税庁の税務システムが2026年9月に刷新

KSK2は「税務行政のデジタル化」を進める新しい基幹システム

KSKとは「国税総合管理システム」のことで、国税の申告・納税など、税務行政の基盤となる情報を一元的に管理しているシステムです。

このKSKが刷新され、2026年9月24日から「KSK2」へ移行します。

今回の大きなポイントは、これまでの「書面中心」の事務処理から、「データ中心」の事務処理へ移行することです。

国税当局では、AI-OCRによる申告書の読み取りや、蓄積されたデータの活用などが進められます。

つまり、単なるコンピューターの入れ替えではありません。

今後の税務行政そのものが、よりデジタル中心になっていく大きな転換点と考えると分かりやすいでしょう。

2．KSK2移行で中小企業にはどんな影響がある？

特に注目したいのは「e-Tax」と「税務署からの通知」

KSK2への移行で、中小企業経営者が特に注意したいのが次の3点です。

• 税務署からの通知が電子化される

• 納付書や申告書の様式が一部変更される

• e-Taxを利用する機会がさらに増える

これまで税務署から郵送で届いていたものが、今後はe-Tax上で確認することになるケースが増えていきます。

「郵送物を確認していれば大丈夫」という従来の感覚から、少し考え方を変える必要があります。

3．e-Taxはどう変わる？電子交付の対象が大幅に拡大

処分通知等の電子交付対象が9通知から約1,000通知へ

今回のKSK2移行で、特に大きな変更の一つが「電子交付」です。

2026年9月24日以降、e-Taxで税務署から電子交付できる処分通知等の対象が、現在の9通知から約1,000通知へ大幅に拡大されます。

例えば、

• 更正又は決定通知書

• 更正決定等をすべきと認められない旨の通知書（是認通知）

なども電子交付の対象になります。

会社にとって重要な税務関係の通知が、紙ではなくデータで届く機会が増えるということです。

そのため、経営者としては「e-Taxのメッセージボックスを誰が確認するのか」を決めておくことが重要です。

経理担当者が確認するのか、税理士が確認するのか、それとも経営者自身が確認するのか。

ここを曖昧にしてしまうと、重要な通知を見落とす可能性があります。

4．電子交付を利用するには何をすればいい？

e-Taxで事前に一括同意する仕組みに変更

電子交付を希望する場合、2026年9月24日以降、e-Tax上で事前に一括同意する仕組みになります。

e-Taxにログインし、通知書等の受領方法について「電子（e-Tax）」を選択します。

メールアドレスの登録やワンタイム認証も必要になります。

また、税理士との委任関係をe-Tax上で登録することで、電子交付された通知書等を税理士と共有することも可能になります。

ここで大切なのは、「電子化されたから、経営者が全部自分で確認しなければならない」ということではありません。

むしろ、会社と税理士との間で、

「税務署からの電子通知は誰が確認するのか」
「確認した後、誰に共有するのか」

という社内ルールを作っておくことが重要です。

なお、国税還付金振込通知書については、従来どおり申告・申請等ごとの同意が必要とされています。

5．「お問い合わせ番号」とは？税務署への問い合わせも変わる

従来の「整理番号」などから13桁の番号へ

KSK2への移行後、税務署から納税者へ送付される文書には「お問い合わせ番号」が使われるようになります。

これまで使われていた8桁の「整理番号」に代わり、13桁の「お問い合わせ番号」が表示されるものがあります。

ここで注意したいのは、この番号が「納税者一人ひとりに固定された番号」ではないということです。

お問い合わせ番号は、税務署から納税者へ送付される文書ごとに付番されます。

税務署へ問い合わせる際に、この番号を伝えることで、職員が対象となる文書をシステム上で検索しやすくなり、よりスムーズな対応が期待されています。

会社に届いた税務関係の文書は、後から確認できるよう適切に保存しておきましょう。

6．納付書はどう変わる？8桁の整理番号から13桁へ

古い納付書も当分の間は使用可能

複写式の「納付書」についてもレイアウトが変更されます。

現行の「整理番号」欄は8桁ですが、変更後は「お問い合わせ番号」欄の13桁になります。

ただし、当分の間は古いレイアウトの納付書も使用できます。

そのため、すぐに会社の納付方法が大きく変わるわけではありません。

一方、給与を支払っている会社では源泉所得税の納付書を扱う機会が多いため、経理担当者には変更点を伝えておくと安心です。

また、「所得税徴収高計算書」についても、一部の様式が変更されます。

税務関連の書類は「去年使ったものを今年も使えばいい」と考えず、最新の様式を確認する習慣をつけることが大切です。

7．申告書の様式も変わる？AI-OCR対応に注意

一部の書面申告書では「控用」がなくなる

KSK2では、AI-OCRを利用して申告書の文字や数字を読み取る仕組みが導入されます。

そのため、一部の書面申告書等ではレイアウトが変更されます。

さらに「控用」がなくなるものもあります。

注意したいのは、以前入手した申告書の様式をそのまま使用しないことです。

申告書は年度によって内容が変更されることがあります。

書面で申告する場合には、提出する時点で最新の様式かどうかを確認しましょう。

また、国税庁はe-Taxの利用を促しています。

対応している手続きについては、電子申告を利用することで、こうした様式変更を意識する場面を減らせるというメリットもあります。

8．税務調査はどう変わる？AI・データ活用が進む国税庁

「税務署のデジタル化＝税務調査が増える」と単純に考えない

KSK2への移行によって、国税当局では保有するデータをより活用しやすくなります。

例えば、

• 申告漏れの可能性が高い納税者の判定

• 滞納者ごとの効果的な接触方法の予測

• 国税当局が保有する資料のデータ登録

など、AIやデータを活用した事務の高度化が進められます。

さらに、地図上に近隣の金融機関を表示する機能や、Web会議システムを利用した調査なども可能になるとされています。

こうした話を聞くと、「AIで税務調査の対象が自動的に選ばれるのでは？」と不安に感じる方もいるかもしれません。

しかし、今回の変更を「税務調査が増える」と単純に捉える必要はありません。

むしろ経営者が意識したいのは、データを重視する税務行政に対応できるよう、会社側も日頃から正確な帳簿や証憑を整えておくことです。

9．税務署からの「お尋ね」もオンライン回答へ

税務署とのやり取りも少しずつオンライン化

税務署から届く「お尋ね」についても、これまでは書面で回答するケースがありましたが、今後はWeb、つまりe-Taxから回答できるものが出てきます。

これは中小企業にとってもメリットがあります。

書類を記入して郵送する、という手間が減り、オンラインで手続きを完結できる場面が増えるからです。

ただし、オンライン化が進むほど重要になるのが「税務署からの連絡を見逃さないこと」です。

会社のe-Taxを誰が管理しているのかを明確にしておきましょう。

10．e-Taxが使えない期間は？2026年9月の実務対応

KSK2移行に伴うメンテナンスに注意

KSK2へのデータ移行作業に伴い、e-Taxには利用できない期間があります。

予定されている期間は、

2026年9月19日（土）0時～9月24日（木）8時30分

および、

2026年9月26日（土）0時～24時

です。

申告や納税を期限直前まで先延ばしにしている会社は、特に注意してください。

「期限には間に合うから大丈夫」と思っていたところ、システム停止期間と重なって手続きできない、という事態は避けたいものです。

税務手続きは、できるだけ余裕を持って行うことをおすすめします。

中小企業経営者が今から確認したい5つのこと

ここまでの内容を踏まえて、まず次の5つを確認しておきましょう。

① e-Taxにログインできるか確認する

IDやパスワード、認証方法など、実際に利用できる状態か確認しておきましょう。

② e-Taxのメッセージボックスを誰が確認するか決める

電子交付が増えることで、確認漏れを防ぐ仕組みがより重要になります。

③ 電子交付を利用するか検討する

郵送から電子交付へ切り替えることで、税務関係の書類をデータで管理しやすくなります。

④ 納付書・申告書の様式変更を経理担当者と共有する

特に源泉所得税など、日常的に納付書を使用する会社では担当者への情報共有が大切です。

⑤ 税理士との情報共有方法を確認する

電子通知が増えることで、「税務署から届いた情報を、会社と税理士のどちらが確認するのか」を決めておく必要があります。

まとめ｜KSK2移行を「税務管理の見直し」のきっかけに

KSK2への移行は、税務署側のシステム変更に見えるかもしれません。

しかし実際には、e-Tax、電子交付、納付書、申告書、税務署とのやり取りなど、中小企業の日常的な税務実務にも関係してきます。

特に重要なのは、

「紙で届くものが、データで届くようになる」

「税務署とのやり取りが、よりオンライン中心になる」

という2つの変化です。

これからの税務では、経営者がすべての制度を細かく覚えることよりも、「自社に関係する変更を見落とさない仕組み」を作ることが重要になります。

KSK2への移行をきっかけに、e-Taxの管理方法や税務書類の保存方法、経理担当者と税理士との情報共有方法を一度見直してみてはいかがでしょうか。

税務のデジタル化は、最初は少し戸惑うかもしれません。

しかし、うまく活用できれば、税務手続きを効率化し、会社の情報管理をよりスムーズにする機会にもなります。

中小企業にとって大切なのは、「新しいシステムに振り回される」のではなく、「自社の税務管理をどう整えるか」という視点です。

今回のKSK2移行を、会社の税務管理を一段整えるきっかけにしてみてください。